Atstatinėjant šventovę, projekte padaryta kai kurių pakeitimų. Projektą koregavo architektas prof. Algimantas Sprindys. Pakeitimai bei papildymai K. Reisono architektūrinio sumanymo iš esmės nepakeitė.

Dėl liturginių apeigų reformos atsisakyta altorių šoninėse navose, centrinio altoriaus mensa patraukta arčiau – tarp pirmųjų ir antrųjų kolonų. Šoninių navų ašyse suprojektuota Švč. Sakramento koplyčia ir Šv. Šeimos koplyčia, paskirta krikštyklai. Kad šventovė tiktų ir kultūriniams renginiams, Švč. Sakramento koplyčia suprojektuota greta zakristijos. Šalia šoninio įėjimo suprojektuotas pandusas ir liftas įvažiuoti ir pasikelti neįgaliųjų vežimėliams.

Techniniame projekte taip pat teko išspręsti teritorijos sutvarkymo, pastato šildymo ir vėdinimo, vandentiekio ir kanalizacijos, elektros apšvietimo, silpnųjų srovių įrengimo bei kitus klausimus, kurie K. Reisono projekte nebuvo numatyti. Vidaus elektros apšvietimo sprendimą padiktavo pats K. Reisonas, centrinę ir šoninę navas suprojektavęs be pastogių.

Prieškariniame projekte pusrūsis buvo numatytas tik po presbiterija ir šoninėmis navomis. Sovietmečiu pusrūsis buvo įrengtas ir po centrine nava. Bažnyčios atstatymo projekte numatyta panaudoti visą pusrūsį. Dabar čia įrengta susirinkimų salė su holu, kolumbariumas, valgykla, drabužinė, patalpa parapijos muziejui.